七月刊 | 常用软件推荐

如果你不注意蓝字，机会就会飞走。

文字：脑人言作者组

整理：insoulter

编辑：shin

七月刊 | 推荐常用软件

大家好！根据读者的反馈和作者的建议，本期我们的主题是推荐常用的科研软件。鉴于不同的专业，作者从文献管理、绘图、数据处理和脑科学软件简单介绍软件，希望对大家有所帮助！

1.文献编辑与管理

yue li insoulter rainbow 东华君

如果你能阅读更多的中文文献，优先考虑Noteexprexss和Endnote，基本上，破解版本可以在网上下载。相应的文献格式style也较多。

喜欢高价值文献管理软件，推荐readcube。

如果使用游览器插件式管理文件Zotero，但似乎这个软件和word兼容性差。

Read by QxMD：这款app它可以安装在手机上，像刷朋友圈一样刷文献。有木头很方便！它的数据来源是Medline/Pubmed，您可以选择您感兴趣的学科领域；您还可以在菜单栏中关注设备的期刊和关键字，您可以随时follow可以同时下载你关注的期刊，简直就是碎片时间科研的神器。

EndNote：这应该是更多的文献管理软件，支持中文人性化，但对外国期刊不友好，有时需要编辑和修改格式。Endnote为编辑和插入参考文献提供更多的数据库，Google scholar也可以导入Endnote专用格式enw，可直接插入word。另外一个小tip是Endnote和Refviz插件配合使用，Refiviz你可以分析文献，根据文献的标题和摘要信息进行分类，指出文献之间的关系，并了解你感兴趣的关键词在这些领域的热点及其与其他内容的相关性。

Mendeley

yue li 姚脑师

1.完全免费。云同步。同一帐户中的文献(包括PDF）可跨设备同步。在学校上传一篇文章，在家下传。

2.可以添加文献tag，搜索方便。

3.添加文献时，可以直接添加文献PDF拖进去。Mendeley会自动识别作者和标题。

4.更懒，打开浏览器PDF之后，可以直接把PDF链接拖进去。Mendeley自动下载和识别

5.搜索关键字可以找到PDF的正文。

6.在Word里加文献跟Endnote类似。边打字Mendeley会立即搜索相应的文献。

7.Mendeley监控文件夹并自动命名PDF。

8.在PDF它可以是亮点和评论。所有内容同步。

9.Mendeley可以监控文件夹，并根据设置自动命名文件夹PDF文章。

根据你所拥有的文章，Mendeley还会像Stork发邮件推荐相关文件。

然而，衣服不如新的好，文献管理软件也不如以前好。最好的方法是选择你最喜欢的，并定期进行文献分类。所有的文献分类材料都应该保存下来，这对未来的写作评论非常重要。

ChenLee

因为我更喜欢折腾，所以test一些与科研和实验相关的软件，特别是对于刚刚进入是的童鞋或准备开始新课题的朋友，推荐组合如下：来自MOOC文件管理和信息检索

1.Endnote：WOS。一般用这个，就不细说了。

2.提出的问题，里程碑文献，文献之间的关系及其重要性。

注意，数据导出来自需求WOS.，然后（启动IE）打开Histsite可导入下载数据的软件。显示如下：

然后，Histcite难点在于绘图和分析，每一点都是一篇文献，它们之间的联系代表关系，圆的大小在一定程度上反映了重要性。

3.Mindmanager / VISIO：

Mindmanager它是锻炼结构思维能力的利器。可用于设计实验和组织文章结构，也可用于知识管理。我喜欢整理我读过的关键文献，并用它做阅读笔记。Visio主要是做流程图，推荐给想写项目和鸡精的朋友。

4.Inoreader：RSS主要跟踪订阅，跟踪国内外项目研究进展，查看最新文献，减少大量噪音信息。以下是我很久以前的订阅展示：

二、画图类

Adobe Illustrator

yue li

因为经常想对matlab对生成的图片进行一些小修改(如修改字体、字体大小和添加一些)marker等等)会直接扔掉AI里做。Adobe Illustrator 是 Adobe 基于矢量的图形制作软件由系统公司推出，所以矢量图非常专业(不用担心图片放大后会变得模糊)。

Inkscape

姚脑师

免费开源专业矢量图编辑软件 Draw Freely |、Tutorials

1.要做矢量图，输入必须是矢量图。姚脑师一般用Excel，MatLab，R生成PDF作为原图。

2.许多杂志点名TIFF图。可是Inkscape不能直接输出TIFF格式。建议使用姚脑师Inkscape输出PNG然后去网上或者GIMP里面转成TIFF。

Photoshop

绅士猫

当我们使用各种先进的特殊相机拍摄荧光图片时，我们还需要调整曝光时间对比度等全球参数，以确保最终图像质量良好。如果局部调整是伪造数据，则不可接受。

以下是直接从相机拍摄的。tiff导入格式文件PS：

这是处理后的结果：

可见，经过简单的色阶优化，可以去除背景色，突出重点。

origin8.0

是originlab公司推出的专业函数绘图软件主要有两个功能：数据分析和绘图。分析主要包括各种完善的数学分析功能，如统计、信号处理、图像处理、峰值分析和曲线拟合；绘图是基于模板的。以下是作者的使用origin8.0做的PSC recording拟合。

GraphPad Prism 5

简单易学，大部分医学研究所需的统计和绘图都可以搞定。这是真的。谁让基础实验大多是p值打世界？GraphPad Prism 它非常人性化，有一个指导界面。根据您的实验设计和数据组以引用不同的统计方法，如折现图、柱状图、箱形图等

显示部分包括：Result数据统计结果显示，Graph对应可视化部分。我通常用它origin主要用于拟合曲线和绘图，GraphPad Prism用于统计分析GraphPad Prism比origin使用更轻，感觉更友好，建议刚开始基础实验的朋友使用。

另外，我个人觉得这些软件和工具都不是最好的，不管是什么MATLAB/ GraphPad Prism/ origin，还是R/ Python等等，最好能解决你的问题。

三、数据处理与分析

rainbow 姚脑师东华君 yue li insoulter

Matlab：功能强大，代码简单易懂。您可以处理数据或编写行为学训练程序。

如上图所示，视觉刺激和输出实验结果：上行显示了我们对动物的视觉刺激，中间线显示了单个前额叶神经元对不同视觉刺激的反应，下行显示了中间线数据的结果；下图显示了代码生成的实验结果。

Python：在数据分析和数值计算方面，Python它具有更全面、更强大的功能，如Numpy，pandas等库调用和实现非常方便，数据可视化，python有matplotlib和seaborn等package在实现机器学习方法时，可以调用，Python可以使用scikit-learn，也可以利用深度学习theano、keras等搞定。相比于matlab，python有很多IDE，例如Pycharm，支持速度快、效率高web开发，Spyder类似于matlab更简洁、更人性化的工作空间，Jupyter Notebook可视性强，阅读方便。相比于matlab，python有很多IDE，例如Pycharm，支持速度快、效率高web开发，Spyder类似于matlab更简洁、更人性化的工作空间，Jupyter Notebook可视性强，阅读方便。可根据自己的需要选择不同的IDE。

推荐Anaconda开发环境，简单易用，非常方便。

R：R主要用于统计分析，也有一些强大的数据可视化功能，如ggplot2工具包。R有很多完整的工具包，但界面不如MatLab友好。可以用RStudio为 R脱胎换骨，成和Matlab类似界面：编码区、命令窗口、工作区和绘图区一目了然。括号也会在编码时自动填写。可以直接按Ctrl+Enter操作代码等。

四、脑科学常用软件

rainbow 长尾电阻蓦然回首

经典的脑科学图像数据分析软件包括FSL（需要在Linux在系统下运行)，SPM（Matlab工具包）、FreeSufer（Linux系统运行)，AFNI等，同时，国内课题组开发的人性化也是如此。matlab工具包，例如FMRI数据处理工具包DPARSF，REST以及DTI数据分析工具包PANDA、及脑电处理EEGLAB等等。这些工具包可以调用FSL和SPM等等，操作简单易用，非常方便。

NEURON免费开源软件(软件官网)是耶鲁大学开发的模拟神经元和神经网络电信号。它的存在是从基本的数学模型计算中解放生物学家，方便他们使用软件模拟神经细胞的行为来研究信号传输。它在Windows，Mac，UNIX，Linux据说超级计算机也可以使用，但我还没有接触过这么高端的计算机。大部分软件都是基于的hoc实现。重要的是，它可以操作多种编程语言，最近更兼容Python。在Python里可以调用NEURON，同样的在NEURON也可以在里面使用Python。然而，软件还提供图形用户界面（GUI），不会编程的用户也可以直观方便地使用。NEURON许多演示文件细胞信号模型的演示文件很多，当然用户也可以定义自己的神经细胞信号模型。

使用在下图中NEURON模拟标准图形用户界面Hodgkin-Huxley 模型的细胞膜动作电位。尽管界面风格有些复古，但研究人员并不在意这些小事。