各参考文献管理软件各有优缺点，一般来说，Endnote、ReadCube、Mendeley、Citavi在功能全面的基础上，有自己的特点，大多数用户可以从中选择一个。
Endnote：Word引文插入功能相对完善，自定义引文格式功能强大。但合法价格昂贵，文件识别速度慢，注释功能弱。
ReadCube：界面美观，Enhanced PDF独特、完善的注释功能、付费订阅版支持文件自动命名、全平台自动同步、引用文献统计等强大功能。PDF文件打开速度慢，由于集成Google服务，经常遇到网络连接问题。Word插件不完美。
Mendeley：免费，功能完善。但界面简单，缺乏特点。
Citavi：可直接导入其他PDF阅读器中的标记，并支持知识管理和任务规划。Citavi 6测试版还支持云同步与合作。提供全功能免费版本（单个项目文献数量不超过100份），付费版本非订阅系统，可终身使用。缺点是相对较小，有一定的学习成本。中国代理商引进后，中文帮助文件得到了改进。
个人观点：
几乎所有的文献管理软件都停留在文献的整理和阅读上，但不重视进一步的阅读信息整合。事实上，管理阅读后获得的知识也是一个非常重要的内容。从这个角度来看，很明显Citavi设计更高明。如果我们需要分析一两个关键文献，ReadCube的Enhanced PDF能提供极大的便利。各取所长，合理使用。
